L'apprentissage – jamais dissimulé – de Marc Monnet auprès de Mauricio Kagel à la Musikhochschule de Cologne n'en fait pourtant pas un « fils de Kagel ». Tout juste, à ses côtés, acheva-t-il de se convaincre que « l'œuvre d'art » est monstrueusement impure, et que l'Histoire (de la musique) est trop lourde pour ne pas s'en esclaffer (elle ne parvient décidément pas à l'obséder). Là où ses confrères composent en musique et critiquent par la plume littéraire, il associe sa création à une attitude critique aussi aiguë qu'amusée (le titre de ses « pièces » en témoigne).

Dans les quatre-vingt œuvres achevées à ce jour, il est donc inutile de chercher le droit fil de ce qui serait un catalogue. Tout juste l'attitude préalable à la composition tient-elle lieu de plus petit commun dénominateur : « Chaque œuvre naît de la façon – singulière, donc non replicable dont le matériau s'organise à moi, la plupart du temps par à-coups, de manière discontinue. À chaque instant se pose la question : que faire de ce qui, incongru, survient ? »

Austère ou exubérante, tragique ou franchement ironique, chaque partition de Marc Monnet développe sa propre dialectique entre son existence sonore et l'espace – acoustique, humain et social – dans lequel elle est projetée. Dans un ensemble où les pièces scéniques sont pourtant minoritaires, chaque œuvre secrète son matériau et ses dispositifs sonores, sa théâtralité gestuelle et spatiale, ainsi que sa relation à ses interprètes et auditeurs. Tout juste dénote-t-on une particulière dilection pour les registres graves.

S'il refuse d'enseigner, Marc Monnet rencontre fréquemment des publics divers lors de résidences dans des institutions culturelles. Mais cette vie « civile » n'est d'aucun secours pour dresser le portrait musical d'un compositeur abhorrant la veine autobiographique et soucieux d'éliminer toutes les scories qui empêchent l'auditeur – jamais ménagé – de découvrir la poésie et le projet de chaque œuvre [...].

Monnet fonde en 1986 sa compagnie de théâtre Caput mortuum, pour répondre à son besoin de repenser le théâtre musical. Pour la scène, il compose Inventions (1986), Commentaire d'inventions, sur un texte de lui-même, (1987), Probe pour voix et système MIDI (1989), Fragments pour cinq interprètes vocalisateurs-acteurs-gesticulateurs, deux sopranos, ensemble et système temps réel (1993), ainsi que des pièces pour la danse Ballets roses (1982), Épaule cousue, bouche ouverte, cœur fendu, pour contreténor, violon, deux pianos et ensemble (2009-2010), version ballet de la [work: 26132][pièce du même nom] pour ensemble et électronique (2008). En 2000-2004, il compose Pan!, opéra pour voix, acteurs, chœur, orchestre et électronique.

Son catalogue contient aussi une grande part de musique soliste et de chambre : des pièces pour piano La joie du gaz devant les croisées en 1980 aux plus récents En pièces (2007) et  En pièces, deuxième livre (2009-2010), une série de Fantasies pour instruments à cordes solistes, de nombreux trios ainsi que sept quatuors à cordes, dont le septième est créé en janvier 2010. Un concerto pour violoncelle Sans mouvement, sans monde est créé par Marc Coppey en septembre 2010.

Par ailleurs, Marc Monnet dirige de 2003 à 2021 le festival du Printemps des Arts de Monte-Carlo.